一、在分隔內間和外間的墻壁或者“隔扇”上，應開一個小窗，用作接種過程中必要的內外傳遞物品的通道，以便減少人員進出內間的次數，降低污染程度。小窗寬60cm、高40cm、厚30cm，內外都應掛對拉的窗扇。
二、無菌實驗室容積小而嚴密，使用一段時間后，室內溫度很高，故應設置通氣窗。通氣窗應該設在內室進門處的頂棚上(即距離工作臺最遠的位置)，最好為雙 層結構，外層為百葉窗，內層可用抽板式的窗扇。通氣窗可以在內室使用后、滅菌前開啟，以流通空氣。有條件的可以安裝恒溫恒濕機。
三、無菌實驗室應有內、外兩間，內間是無菌室，外間是緩沖室。房間的容積不宜過大，以便于空氣滅菌。最小內間面積2×2.5=5㎡，外間面積1×2=2㎡，高以2.5m以下為宜，都應有天花板。
四、內間應當設拉門，以便減少空氣的波動，門應該設在離工作臺最遠的位置上;外間的門最好也采用拉門，要設在距離內間最遠的位置上。
無菌實驗室主要用于產品的無菌檢測，在檢測全過程均應實施無菌操作，嚴防因污染而出現假陽性的檢測結果。所以，其布局、設計和建造應該有利于避免交叉污染、便于清潔以及日常的維護，以保證高潔凈度無菌實驗的環境。
